Perry se telestransporta a la 2da dimensión para rescatar agentes, donde tienes que ayudarlo a pasar obstáculos y vencer al Ornitocybor.
Historia
Despues de que el agente P abandonara a sus dueños Phineas y Ferb dejandolos en la casa de de ellos de la 2 dimension, el recibe el mensaje del Mayor Monograma diciendo que habia desaparecido 9 Agentes secretos, el agente P con rugidos le dice al Mayor Monograma que sus dueños lograron descubrirlo que el era Agente Secreto mientras estaba en la mission de detener a Doof, el Mayor Monograma decescionado le dice al agente P que despues de que encuentre los Agentes desaparecidos, tendra que ser reubicado.
El Agente P estaba preparado para rescatar los 9 agentes, en el 1 Nivel, Perry logra liberar los 3 primeros agentes y cuando Perry llega las partes finales del primer nivel, se rencuentra con el Doof de la 2 dimension y el Ornitocybor pero Perry logra derrotarlos y el Ornitocybor se escapa.
Luego,Perry llega al 2 Nivel, y encuentra los Otros 3 desaparecidos,los libera y llega una vez mas la parte final del Nivel,donde se encuentra de nuevo con el Ornitocybor,luego Perry lo derrota y escapa.
Finalmente,Perry llega casi a la Entrada del Edificio del Dr.Doof,luego Perry libera los ultimos Agentes restantes,luego Perry logra ver el Edificio del Dr,Doof,y esta a punto de entrar,pero luego el Ornitocybor aparece por tercera vez para su Segunda Revancha.
Despues de una gran batalla larga,Perry logra derrotar al Ornitocybor,y esta vez,el Ornitocybor no logra escapar,sino se cae y colapsa,apagandose y dejando de vivir.
Mientras el Agente P ve al Ornitocybor no vivo,el cree que esta vez su enemigo de la Segunda Dimension a sido derrotado para siempre ,y ahora el Agente P se dirige al Edificio del Dr.Doof para entregarse por la seguridad de sus Dueños.
Pero,hay algo que Perry no noto,cuando Perry entro en el Edificio dejando el cuerpo sin vida del Ornitocybor, un ojo del Ornitocybor se enciende,dando entender que todavia el Ornitocybor no a sido completamente derrotado y todavia sigue vivo.
Luego en la pantalla de Dialogo,aparece un logotipo con las palabras.El Fin¿.
Luego,despues del final del Juego.Los eventos originales de la Pelicula transcurren.
